处理限期整改通知书未整改的情况需要根据具体情况来考虑。以下是一些可能的处理方式：
1. 与责任人沟通：首先，与收到通知书的责任人进行沟通，了解未整改的原因和情况。可能是因为外部影响、技术问题或其他原因导致未能按时完成整改任务。通过沟通，可以了解具体情况，并讨论解决方案。
2. 延长整改期限：如果责任人有正当的原因无法按时完成整改任务，可以考虑延长整改期限。与相关部门或上级的主管沟通，解释延长整改期限的原因，并提出合理的延期申请。
3. 追究责任：如果责任人没有正当的理由未能按时完成整改任务，相关部门可以考虑追究责任。可能采取的措施包括：发出警告函、处罚相关责任人、要求赔偿损失等。追究责任的方式需要符合法律法规和相关规定。
4. 给予帮助和支持：有时，责任人可能需要一些额外的帮助和支持才能完成整改任务。相关部门可以提供必要的支持，如技术指导、培训、资源调配等，以帮助责任人成功完成整改任务。
生产经营单位有下列行为之一的，责令限期整改，预期未整改的，责令停产，停业整顿，可以处以2万以上10万以下的罚款，造成严重后果，构成犯罪的，依照刑法有关规定追究刑事责任。
一是生产经营，储存，使用危险物品未建立专门安全管理制度，为采取可靠的安全措施或者不接受有关主管部门依法实施的监督管理的。
二是对重大危险源未登记建档，或者未进行评估监控或者未制定应急预案了。
三是进行爆破，吊装等危险作业，未安排专门管理人员进行现场安全管理的。
合法。
因为依据《中华人民共和国行政许可法》第十一条规定，行政机关应当在法定期限内作出行政许可决定。
在具体实施过程中，一些行政部门根据工作需要，可能会对申请人、企业或者个人发布一些通告，来告知各项业务的情况，通告中会规定某些事项的限制期限，比如限期清理公告，其规定限期不超过三个工作日是合法的。
如果采用其他方式发布通知，比如市场监管部门发布关于食品安全的通知，规定商家在一定期限内要停售某种食品，也要在规定的期限内进行整改，在法律和规定的时间内，这一举措也是合法的。
需要注意的是，在规定的期限内行政部门没有作出决定的情况下，申请人可以申请行政复议或者提起行政诉讼。