羊肚菌脚柄发黄的原因可能有以下几种：

杂菌感染：可能是由于土壤中的杂菌过多，导致羊肚菌根部受到感染，进而出现发黄现象。

水分管理不当：如果土壤中的水分过多或过少，可能会影响羊肚菌的正常生长，导致根部发黄。

环境因素：高温高湿的环境条件可能会导致羊肚菌根部发黄，特别是在浇水过勤或营养输送受阻的情况下。

病虫害影响：病虫害的侵害也可能导致羊肚菌根部发黄，影响其正常生长。

采摘时间不当：如果采摘偏晚，羊肚菌菇体不再吸收营养，也可能导致根部发黄。

综合以上原因，羊肚菌脚柄发黄可能是由于环境条件不适宜、水分管理不当、病虫害影响或采摘时间不当等因素造成的。为了防止这种情况发生，需要合理控制环境条件，适时适量地浇水，并注意病虫害的防治。