是的，两个公司可以合作注销一个公司。在中国，即使两个公司有同一个法人代表或股东，他们依然可以合作进行注销。实际上，合作注销公司通常需要法人代表或股东之间签署一份共同协议，明确注销公司的具体事项和责任分配。在完成所有必要的程序和程序后，公司将被正式注销。