福建工程学院的学生可以选择在本校继续攻读研究生。该校有6个硕士学位授权一级学科、9个硕士专业学位授权点。只要是有硕士点的专业，都可以。
福建工程学院目前有6个硕士学位授权一级学科以及13个硕士专业学位授权点，硕士点的数量已经达到了19个，正筹备升格为福建理工大学。
工程管理研究生，它的含金量一点都不低。申请工程管理硕士，首先要通过管理类的联考和各个院校的复试。然后，经考试合格入学，修满规定学分并符合要求，通过论文答辩者，授予工程管理专业硕士毕业证书和硕士学位。
随着现代工程的发展，出现了规模庞大、决策过程复杂、涉及技术种类多、组织结构庞大、持续时间长、参与人员众多等趋势。工程管理在现代工程中的重要性使得工程管理人员在现代工程实践中发挥着越来越重要的作用。